После событий второй части мультфильма лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман вместе с королем лемуров Джулианом, его верным советником Морисом, Мортом и командой пингвинов всё ещё не могут вернуться в Нью-Йорк: их разыскивает стражница зоопарка капитан Шаубон, которая считает, что звери нуждаются в опеке и защите от внешнего мира.
