После событий первого фильма Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль пытаются приспособиться к жизни в Нью-Йорке, скрываясь от людей и продолжая тайно защищать город от мелкой преступности. Но спокойствие длится недолго: Шреддеру с помощью сообщников из Клана Фут и профессора Стокмана удается сбежать из тюрьмы во время транспортировки, воспользовавшись разработанным ученым порталом в иное...
