События картины разворачиваются после смены временной линии, описанной в фильме «Дни минувшего будущего», когда мутанты и люди всё ещё не нашли общего языка, а оставшиеся в живых члены команды пытаются приспособиться к новому миру. Спокойствие рушится с пробуждением первого мутанта в истории человечества — Апокалипсиса, который был погребен под песками Египта тысячи лет назад и теперь...
